[alcoSHoLiK]

Для того, чтобы отобразить MessageBox, надо вызывать функцию, специфичную для выбранной оконной системы. Если у тебя программа под виндой запускается, можно написать так:

void main(int argc, char **argv)
{
    // ...

    // по имени приложения находим HWND окна
    HWND winHandle = FindWindow(NULL, argv[0]);
    MessageBox(winHandle, "сообщение", "заголовок", MB_OKCANCEL);

    // ...
}

Код взят отсюда: http://www.gamedev.net/community/for...age=1&#3298324

Или еще проще - создать немодальный диалог:

MessageBox(NULL, "сообщение", "заголовок", MB_OKCANCEL);