Если у вас установлен PhotoShop (у меня стоит CS), то Вам поможет Adobe ImageReady...
- сохраните анимацию отдельными кадрами (bmp или другой формат... не avi) в отдельной папке;
- В ImageReady File->Import->Folder as Frames
- потом сохраняете а gif'е
