[pax]

Подозреваю что надо в шейдер в структуру Input добавить строку

float4 color : COLOR; 


А первую строку функции surf заменить на

fixed4 c = tex2D(_MainTex, IN.uv_MainTex) * _Color * IN.color; 


Т.е. цвет частицы передается через цвета вершин.

Ну и в итоге должно получиться следующее:

Shader "Diff" {
    Properties {
        _Color ("Main Color", Color) = (1,1,1,1)
        _MainTex ("Base (RGB) Trans (A)", 2D) = "white" {}
    }

    SubShader {
        Tags {"Queue"="Transparent+1000" "IgnoreProjector"="True" "RenderType"="Transparent"}

        CGPROGRAM
        #pragma surface surf Lambert alpha

        sampler2D _MainTex;
        fixed4 _Color;

        struct Input {
            float2 uv_MainTex;
            float4 color : COLOR;
        };

        void surf (Input IN, inout SurfaceOutput o) {
            fixed4 c = tex2D(_MainTex, IN.uv_MainTex) * _Color * IN.color;
            o.Albedo = c.rgb;
            o.Alpha = c.a;
        }
        ENDCG
    }

    Fallback "Transparent/Diffuse"
}