Там две текстуры движутся в противоположных направлениях и одна перпендикулярна им. А дальше по моему, не сколько альфа канал, сколько TextureBlend применяется... И что-то ещё...
P.S. Структуру слоёв идет как то так:
1 чёрно-белая
2 текстура воды
3 и вновь чёрно-белая
Наверное из-за этого снизу вода идёт чёрными пятнами.
P.P.S. Мне эта вода напоминает не шейдерную как ABTOMATу, а грязную сточную с заводов, текстура ландшафта как раз в тему и кубемапа добавляет отличные радужные разводы, как от бензина в лужах
